Masjid Al-Ikhlas berlokasi di Fakultas Kedokteran Gigi USU, tepatnya di samping Rumah Sakit Gigi dan Mulut USU (RSGM USU). Masjid ini dapat diakses baik oleh civitas akademika USU maupun masyarakat sekitar selama masih pada jam buka masjid. Masjid ini merupakan masjid dengan satu lantai, tetapi berukuran cukup luas sehingga nyaman untuk aktivitas shalat berjemaah dan ibadah harian. Masjid Al-Ikhlas juga sudah dilengkapi fasilitas AC dan menjadi tempat pelaksanaan sholat Jumat tiap minggunya.