Musholla Al Mukhlisin berlokasi di dalam area Fakultas Pertanian USU, tepatnya di Jl. Prof. Hanafiah. Musholla ini berukuran cukup besar, seperti masjid pada umumnya, sehingga memudahkan civitas akademika Fakultas Pertanian USU untuk melaksanakan ibadah berjemaah di musholla ini. Musholla ini juga sudah dilengkapi dengan fasilitas seperti sajadah sholat dan pendingin ruangan untuk memberikan kenyamanan saat beribadah.