Musholla Iqra berlokasi di antara wilayah Perpustakaan USU dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) USU. Untuk mengakses masjid ini, civitas akademika USU ataupun masyarakat sekitar dapat melewati jalan masuk di samping Gedung Pascasarjana Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik USU atau dari Jalan Abdul Hakim di samping Fakultas Hukum USU. Musholla ini juga memiliki ukuran yang cukup luas dan dikelilingi lingkungan yang asri. Jemaah yang datang ke musholla ini dapat beribadah dengan nyaman dengan dukungan fasilitas yang memadai.